清朝初年，河南承宣布政使司成立，其行政体系屡经变迁。
年，河南巡抚一职首次设立，接着设立布按二司。次年，江南、江西、河南总督设立，分别驻江宁府和大名府。
年，调整为直隶山东河南总督，总部设于大名府，但在年被撤销。
年，河南总督再次设立，总部迁至开封府。
然而，年再次废除，改设直隶山东河南三省总督，总部设于大名府。这一安排也未能持久，年便裁撤。
年，河南巡抚田文镜改为河南总督，次年再度更名为河东总督。然而，年，河东总督驻地调至兖州府，次年被废除。
此后，直至清末，河南省的督抚职位仅存河南巡抚。
河南省辖地广泛，包括开归陈许郑道开封府，下辖祥符县、陈留县、杞县、通许县、尉氏县、洧川县、鄢陵县、中牟县、兰阳县（兰封县）、密县、新郑县、禹州、仪封厅（兰封县）。
陈州府下辖淮宁县、商水县、西华县、项城县、沈丘县、太康县、扶沟县，基本在今天的周口市境内。
归德府下辖商丘县、宁陵县、鹿邑县、夏邑县、永城县、虞城县、考城县、柘城县、睢州，现今周口和鹿邑、开封、考城一部。
郑州直隶州下辖荥阳县、荥泽县、汜水县，如今的郑州相较之下辖区较小，不及其他府。
河北道卫辉府下辖汲县、新乡县、获嘉县、淇县、辉县、延津县、浚县、滑县、封丘县、胙城县，主要位于今天的新乡市。
同时，也包括安阳和鹤壁的一部分。
怀庆府河南府下辖洛阳县、偃师县、宜阳县、新安县、巩县、孟津县、登封县、渑池县、嵩县、永宁县，主要为今天的洛阳市，还包括三门峡和郑州的一部分。
陕州直隶州下辖陕州、灵宝县、卢氏县、阌乡县。
汝州直隶州下辖鲁山县、郏县、宝丰县、伊阳县，包括今天的南阳市、平顶山、驻马店和漯河的一部分。
南汝光淅道南阳府下辖南阳县、南召县、唐县、泌阳县、桐柏县、镇平县、新野县、内乡县、舞阳县、叶县、邓州、裕州，基本为现在的南阳市，其中南阳市包括平顶山、驻马店、漯河的一部分。
汝宁府下辖汝阳县、正阳县、上蔡县、新蔡县、西平县、遂平县、确山县、罗山县、信阳州，主要是现今的信阳市和南阳市光州直隶州下辖光山县、固始县、商城县、息县，信阳市包括光州、汝宁府的一部分。
淅川直隶厅是目前南阳的一部分，光州直隶州下辖许昌、漯河的一部分。